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Volcano plot

Volcano plot 以群組間的差異(以對數倍數變化 log fold change 表示)與比較峰值強度的檢定 p 值之間的關係來視覺化。這能提供統計顯著結果及其效果量的整體概觀。DiffBind 提供 dba.plotVolcano() 函式來建立這類圖。

ar_diff 物件包含差異性結合分析的結果。

本練習屬於課程

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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練習說明

  • 建立一個 Volcano plot。
  • 檢視圖形。顯著的結果位於哪裡?

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Create a volcano plot
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編輯並執行程式碼