理解對徑路的影響
徑路是另一種實用的基因分組方式。在本練習中，你將檢視徑路富集分析的結果，這份分析著重於在原發腫瘤樣本中更顯著的峰值。物件 enrich_primary 含有這些結果。它是一個包含 4 個項目的清單。此時你主要關注的是「results」，也就是依顯著性排序的富集結果資料框。裡面包含基因集合的 ID 與名稱，以及屬於該基因集合、與峰值相關聯的基因。此處的基因以 Entrez ID 回報。你可以使用 org.Hs.eg.db 套件提供的資料庫，在 Entrez ID 與基因符號之間轉換。select() 函式提供了便利的介面，讓你以「ENTREZID」作為鍵類型，從「SYMBOL」欄選取對應的項目。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
• 檢視排名前幾名的基因集合。 • 擷取排名最高集合的基因 ID。 • 將基因 ID 拆分為向量。 • 將基因 ID 轉換成基因符號。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)