計算 coverage
現在輪到你將 reads 延伸到平均片段長度，以取得更好的 coverage 估計。把 reads 延伸後，可以把同一片段兩端的 reads 合併成單一的 coverage 峰值，有助於把真正的峰值和背景雜訊區分開來。
本練習要用到的樣本 GSM1598218 的 BAM 檔已為你載入。此樣本的平均片段長度為 183 bp。reads 已作為名為 reads_gr 的 GRanges 物件提供。
載入本練習所需的所有資料與 R 套件可能需要一點時間。請耐心等候。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 將 reads 延伸至平均片段長度。
- 計算片段的 coverage。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)