更深入觀察路徑
在這個練習中，你要建立一個 URL，連結到富集分析所找出的路徑，並將具有 ChIP-seq 峰的基因標示出來。這能讓你概覽這些基因（更精確地說，是它們所編碼的蛋白質）彼此之間以及與其他蛋白質的互動。有了經驗後，這常能快速提出可能的機制，用來解釋研究中不同族群之間的差異。
此類 URL 的一般格式為：https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
你將建立一個 URL，用來顯示富集分析中的頂尖路徑，並突出顯示與峰相關的基因。你先前建立的物件 top_path 與 genes 已經放在工作環境中可供使用。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 將路徑 ID 加到 URL。
- 將與峰相關、屬於該路徑的基因 ID 合併為單一字串，並以「'+'」分隔。
- 將該基因選擇字串加到 URL。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")