樣本叢集分析
檢視樣本之間相似度的另一種方式是階層式叢集分析。這包含兩個步驟。首先，你要使用 dist() 根據峰值的（標準化覆蓋度）計算樣本之間的距離。接著，使用這些成對距離搭配 hclust() 將相似的樣本分在一起。這會產生樹狀圖（dendrogram），呈現樣本之間的階層關係。已提供一個含有適當標準化覆蓋度資料的矩陣，作為 R 物件 cover。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 使用
dist()計算樣本之間的成對距離。 - 使用
hclust()由距離矩陣建立樹狀圖。 - 繪製該樹狀圖。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)