介紹 ChIP-seq 實驗。為什麼它有趣？使用 ChIP-seq 可以研究哪些現象，以及我們能從這些實驗中學到什麼。

什麼是 ChIP-seq？

ChIP-seq 重點回顧

定序資料

峰值呼叫

ChIP-seq 工作流程

熱圖

關鍵差異的基因

ChIP-seq 結果摘要

理解 ChIP-seq 資料

ChIP-seq 入門

現在正式開始 ChIP-seq 分析。本章將介紹用於匯入與清理資料的 Bioconductor 工具。

匯入資料

讀取 BAM 檔

讀取 BED 檔

更深入檢視峰值

詳細繪製一個區域

加入註釋

清理 ChIP-seq 資料

移除黑名單區域

篩選 reads

比較過濾後的資料與原始讀取

評估富集程度

計算 coverage

峰值區域 vs 背景

回到基礎：準備 ChIP-seq 資料

本章介紹用來識別並視覺化 ChIP-seq 樣本之間差異的技巧。

差異性結合概論

這些樣本在你看起來一樣嗎？

樣本叢集分析

視覺化蛋白質結合的差異

檢定差異性結合

載入讀取計數

設定模型

配適模型

重新檢視 PCA 與熱圖

更深入檢視差異性結合

MA 圖

Volcano plot

彙整蛋白質結合差異

比較 ChIP-seq 樣本

能夠找出樣本族群之間的差異性結合固然重要，但這代表什麼意義？本章將說明詮釋差異性結合結果的策略，從峰值呼叫一路連結到具生物學意義的洞見。

解讀 ChIP-seq 峰值

整合峰位

使用註釋資料

加註峰值（Annotating peaks）

哪些峰值不同？

解讀基因清單

將峰與基因建立關聯

找出共同主題

理解對徑路的影響

更深入觀察路徑

進階 ChIP-seq 分析

從峰到基因再到功能

Chromosome 20 dataset

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

ChIP-seq 分析是生物資訊學中的重要領域。它讓我們一窺驅動身體細胞運作的機制。不論是幫助你閱讀這個網頁的腦細胞，或是在體內巡邏、對抗致病微生物的免疫細胞，它們攜帶的基因組都是相同的。真正的差異在於任一時間點哪些基因處於活化狀態。哪些基因會被啟動，是由一套能夠啟用或關閉基因的蛋白質調控系統所決定。當這套調控機制失控時，可能導致癌症與其他使人衰弱的疾病。ChIP-seq 分析能幫助我們了解調控蛋白的功能、它們如何促成疾病，並提供如何介入以避免細胞失序的洞見。在本課程中，你將探索一個真實的資料集，同時學習如何在 R 中處理與分析 ChIP-seq 資料。

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

使用Bioconductor和人類癌症數據集學習分析和解釋ChIP-seq數據。

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

掌握如何運用Bioconductor分析與解讀ChIP-seq數據，實作於人體癌症資料集。

更深入檢視差異性結合

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