加註峰值（Annotating peaks）
在前面的練習中，你建立了整合所有樣本的合併峰值表（此處變數為 peaks_merged），以及一個含有基因註解的資料表（此處變數為 human_genes）。現在要使用 ChIPpeakAnno 套件提供的 annoPeaks() 函式，把兩個表格的資訊結合起來。對於每個與某基因啟動位置足夠接近的峰值（由 bindingRegion 參數決定），此函式會在一個 data frame 中回傳該基因的詳細資訊。其中包含一個 insideFeature 欄位，用來指出峰值相對於該基因的位置。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 以最近的基因為峰值加註。
- 判斷有多少峰值成功加上基因註解。
- 建立摘要表，指出峰值相對於基因的位置分佈。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)