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哪些峰值不同?

來看看在峰值呼叫(peak calls)方面,各個樣本之間有多不同。檢視你先前處理過的合併峰值,有多少峰值是不同樣本之間共享的呢?

一個能回答這個問題的圖是維恩圖(Venn diagram)。你可以用 dba.plotVenn() 函式,直接從 DBA 物件建立維恩圖。另一個選擇是使用 UpSet 圖,你可以用 UpSetR 套件來建立。UpSet 圖以一系列長條圖取代維恩圖的橢圓,用來表示各種子集合的大小。upset() 函式需要你提供一個資料框,每個集合(也就是每個樣本)一欄,指出每個峰值是否屬於該集合。所需的資料包含在 ar_diff 物件的 called 欄位中。

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在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)
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