彙整蛋白質結合差異
在本課最後，你要檢視的差異性結合峰圖是箱型圖。這種圖可以彙整各樣本中峰值強度的分布。為了這個目的，DiffBind 提供了 dba.plotBox() 函式。箱型圖會突顯不同群組中的中位數位置，以及其周圍資料的散布情形。DiffBind 產生的圖同時比較兩個群組（原發性腫瘤與治療抗性腫瘤），以及由差異性結合峰所組成的子群組。除了圖本身之外，dba.plotBox() 也會回傳這些群組之間成對比較的 p 值。
和之前一樣，差異性結合分析的結果儲存在 ar_diff。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 建立峰值強度的箱型圖。
- 檢視回傳的 p 值。哪些峰集合彼此之間具有顯著差異？
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)