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設定模型

在你實際執行群組之間的比較之前,必須先告訴 DiffBind 樣本是如何分成不同群組。最簡單的方式是使用 DiffBind 為樣本附加的預先定義類別。這些類別包含常見且有用的分組,例如每個樣本對應的條件(condition)或組織(tissue)。你可以透過 categories 參數,搭配 DBA_CONDITIONDBA_TISSUE 等常數來指定要使用哪一種。dba.contrast() 的說明頁面列出了所有可用的常數。

本練習屬於課程

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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練習說明

  • 檢視 ar_binding 物件。
  • 找出對應於原發腫瘤(primary)與治療抗性(TURP)條件的類別。
  • 建立對照,用來比較這兩種腫瘤類型。
  • 檢視 dba_peaks 物件,確認對照已加入。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)
編輯並執行程式碼