Volcano plot
ต่อไปจะสร้าง volcano plot เพื่อแสดงภาพรวมของ differential expression ในการศึกษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาว โดยแกน y แสดง log odds ของ differential expression และแกน x แสดง log fold change
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
โมเดลที่ฟิตแล้วจากบทที่ 2 ของการศึกษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาว (fit2) ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว และแพ็กเกจ limma ก็โหลดไว้พร้อมใช้งาน
สร้าง volcano plot ที่ไฮไลต์ยีน 5 อันดับแรก
กำกับชื่อยีน 5 อันดับแรกด้วย gene symbol โดยส่งคอลัมน์
symbolของ data framefit2$genesให้กับอาร์กิวเมนต์names
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)