เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

ลบ Batch Effects ออก

จากแบบฝึกหัดที่ผ่านมา พบว่าผลของ batch มีอิทธิพลต่อความแปรปรวนของข้อมูลมากกว่าผลของ treatment ข่าวดีคือ การศึกษา olfactory stem cell นี้มีการออกแบบที่สมดุลอย่างสมบูรณ์แบบ กล่าวคือ แต่ละ treatment ปรากฏอยู่ใน batch ทั้ง 4 ชุด จึงสามารถลบความแปรปรวนที่เกิดจากกระบวนการแบ่ง batch ออกได้ เพื่อเพิ่มอัตราส่วนสัญญาณต่อสัญญาณรบกวน

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

โหลด ExpressionSet object eset ที่มีข้อมูล olfactory stem cell ไว้ใน workspace แล้ว

  • ใช้ removeBatchEffect เพื่อลบผลของ batch ทั้ง 4 ชุดออกจากข้อมูล
  • ใช้ plotMDS เพื่อพล็อต principal components โดยระบุ label ของแต่ละตัวอย่างตาม treatment ที่ได้รับ
  • แสดง principal components อีกครั้ง คราวนี้ระบุ label ของแต่ละตัวอย่างตาม batch

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(limma)

# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)

# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)
แก้ไขและรันโค้ด