เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

Contrasts matrix

เพื่อทดสอบผลของ doxorubicin ต่อหัวใจของหนูแบบ wild type และหนูที่ขาด Top2b (รวมถึง interaction ระหว่างการรักษาและ genotype) จำเป็นต้องนำ coefficient จาก design matrix มาสร้าง contrast

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ออบเจกต์ ExpressionSet ชื่อ eset ที่มีข้อมูล doxorubicin และ design matrix ชื่อ design ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว พร้อมกับแพ็กเกจ limma

  • สร้าง dox_wt เพื่อทดสอบผลของ doxorubicin ในหนูแบบ wild type

  • สร้าง dox_top2b เพื่อทดสอบผลของ doxorubicin ในหนูที่ขาด Top2b

  • สร้าง interaction term เพื่อทดสอบความแตกต่างในการตอบสนองต่อ doxorubicin ระหว่างหนูทั้งสองประเภท (คำใบ้: นำ dox_top2b และ dox_wt มา contrast กัน)

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm
แก้ไขและรันโค้ด