สร้างออบเจกต์ ExpressionSet

การจัดการชุดข้อมูล 3 ชุดแยกกันสำหรับการทดลองเดียวนั้นยุ่งยากและเสี่ยงต่อความผิดพลาด โดยเฉพาะเมื่อต้องกรองข้อมูล ให้รวมชุดข้อมูลทั้ง 3 ชุดจากการทดลอง leukemia เข้าเป็นออบเจกต์เดียวโดยใช้คลาส ExpressionSet ของ Bioconductor

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

matrix ของ expression (x), ข้อมูล feature (f), และข้อมูล phenotype (p) ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว

สร้างออบเจกต์ ExpressionSet ใหม่โดยใช้ฟังก์ชัน ExpressionSet
ส่ง expression matrix ให้กับอาร์กิวเมนต์ assayData
ส่ง phenotype data frame ให้กับอาร์กิวเมนต์ phenoData
ส่ง feature data frame ให้กับอาร์กิวเมนต์ featureData

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

แก้ไขและรันโค้ด