ทดสอบ Differential Expression

เมื่อกำหนด design matrix และ contrasts matrix แล้ว ก็สามารถทดสอบ differential expression ที่เกิดจากการรักษาด้วย doxorubicin ในหนูทั้งสองสายพันธุ์ได้

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ออบเจกต์ ExpressionSet eset ที่บรรจุข้อมูล doxorubicin, design matrix design และ contrasts matrix cm ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว รวมถึงแพ็กเกจ limma ก็โหลดพร้อมใช้งานแล้วเช่นกัน

Fit ค่าสัมประสิทธิ์ของโมเดลด้วย lmFit
Fit contrasts ด้วย contrasts.fit
คำนวณ t-statistics ด้วย eBayes
สรุปผลลัพธ์ด้วย decideTests และ vennDiagram

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

แก้ไขและรันโค้ด