ทดสอบการแสดงออกเชิงอนุพันธ์ระหว่าง 2 กลุ่ม
เมื่อมี ExpressionSet object และเมทริกซ์การออกแบบแล้ว ก็สามารถ fit และทดสอบโมเดลด้วย limma ได้เลย
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
ExpressionSet object eset ที่มีข้อมูลมะเร็งเม็ดเลือดขาว และเมทริกซ์การออกแบบที่เพิ่งสร้าง (design) ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว
Fit สัมประสิทธิ์โมเดลด้วย
lmFitคำนวณค่า t-statistics ด้วย
eBayesสรุปผลลัพธ์ด้วย
decideTestsเนื่องจากการทดสอบ intercept term ไม่มีความหมายในที่นี้ ให้ระบุสัมประสิทธิ์
"Diseasestable"เมื่อรันdecideTests
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)