เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

สร้าง boxplot ด้วยออบเจกต์ ExpressionSet

เมื่อรวมข้อมูลการทดลองทั้งหมดไว้ในออบเจกต์ ExpressionSet เดียวแล้ว การเลือกกลุ่มย่อยของ feature และ sample จะทำได้สะดวกยิ่งขึ้น ในแบบฝึกหัดนี้ จะสร้าง boxplot เพื่อแสดงผลยีนหนึ่งตัวอีกครั้ง แต่คราวนี้จะเลือก sample ที่ต้องการแสดงในกราฟด้วย

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

โหลด ExpressionSet eset ไว้ใน workspace ของคุณแล้ว

  • เลือกกลุ่มย่อยของ eset ให้เหลือเฉพาะ 10 sample แรก (คอลัมน์)

  • สร้าง boxplot ของยีนที่ 1000 (แถวที่ 1000) ใน eset_sub โดยใช้ accessor functions exprs, pData และ fData

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])
แก้ไขและรันโค้ด