Volcano plot
ต่อไปจะสร้าง volcano plot เพื่อแสดงภาพรวมของการแสดงออกเชิงอนุพันธ์ในแต่ละ contrast โดย plot นี้จะแสดง log odds ของการแสดงออกเชิงอนุพันธ์บนแกน y และ log fold change บนแกน x
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
โมเดลที่ fit แล้ว fit2 ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว และแพ็กเกจ limma ก็พร้อมใช้งานแล้วเช่นกัน
เรียกดู gene symbols (
symbol) จาก data framefit2$genesสร้าง volcano plot ที่ไฮไลต์ยีนอันดับต้น 5 อันดับสำหรับแต่ละ contrast ทั้ง 3 contrast
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)