ระบุโมเดลเชิงเส้นเพื่อเปรียบเทียบ 2 กลุ่ม
เพื่อระบุยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันในการทดลองมะเร็งเม็ดเลือดขาว ให้แปลงโมเดลเชิงเส้นต่อไปนี้เป็นโค้ด R:
โดยที่ \(X_{1}\) มีค่าเท่ากับ 1 สำหรับมะเร็งระยะลุกลาม และ 0 สำหรับมะเร็งระยะคงที่ (หมายเหตุ: R เลือกเงื่อนไขฐานโดยอัตโนมัติตามลำดับตัวอักษร)
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
โหลด ExpressionSet object eset ที่มีข้อมูลมะเร็งเม็ดเลือดขาวไว้ใน workspace แล้ว
- ใช้
model.matrixเพื่อสร้าง design matrix ที่ประกอบด้วย intercept coefficient และ coefficient ที่ระบุสถานะของโรค
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)