เส้นทางชีวเคมี KEGG
เทคนิคที่นิยมใช้เพื่อช่วยตีความผลการวิเคราะห์ Differential Expression คือการทดสอบหาการเสริมสมรรถนะ (enrichment) ในกลุ่มยีนที่รู้จักอยู่แล้ว ฐานข้อมูล KEGG รวบรวมกลุ่มยีนที่ได้รับการตรวจสอบแล้วว่ามีปฏิสัมพันธ์กันในเส้นทางชีวเคมี (biological pathway) เดียวกัน เส้นทางชีวเคมี KEGG ใดบ้างที่มีการแสดงออกมากกว่าปกติในยีนที่แสดงออกแตกต่างกันจากการศึกษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาว?
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
โมเดลที่ fit แล้วจากการศึกษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาวในบทที่ 2 ซึ่งก็คือ fit2 ได้ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว และแพ็กเกจ limma ก็พร้อมใช้งานแล้วเช่นกัน
ดึง Entrez Gene ID จาก data frame
fit2$genesทดสอบหาเส้นทางชีวเคมี KEGG ที่มีการเสริมสมรรถนะด้วย
keggaโดยกำหนด species เป็น"Hs"สำหรับ Homo sapiensดูเส้นทางชีวเคมี KEGG ที่มีการเสริมสมรรถนะสูงสุด 20 อันดับแรกด้วย
topKEGG
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)