Design matrix สำหรับ 3 กลุ่ม
ในการทดลอง hypoxia เซลล์ต้นกำเนิดถูกนำไปสัมผัสกับออกซิเจน 3 ระดับที่แตกต่างกัน ได้แก่ 1%, 5% และ 21% เพื่อเปรียบเทียบการทำงานของเซลล์ในสภาวะแวดล้อมทั้ง 3 แบบ ให้ใช้ group-means parametrization ในการระบุโมเดลเชิงเส้นที่มีค่าสัมประสิทธิ์สำหรับออกซิเจนแต่ละระดับ
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
โหลด ExpressionSet object eset ที่มีข้อมูล hypoxia ไว้ใน workspace ของคุณแล้ว
- ใช้
model.matrixเพื่อสร้าง design matrix แบบไม่มี intercept โดยจำไว้ว่าตัวแปรที่สนใจในการศึกษานี้ (ระดับออกซิเจน 3 ระดับ) อยู่ในคอลัมน์oxygenของ phenotype data frame
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)