เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

เมทริกซ์ contrast สำหรับ 3 กลุ่ม

เพื่อระบุยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันระหว่างระดับออกซิเจนทั้ง 3 ระดับ ต้องกำหนด pairwise contrast จำนวน 3 รายการ

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ออบเจกต์ ExpressionSet ชื่อ eset ที่มีข้อมูล hypoxia และเมทริกซ์ดีไซน์ที่สร้างไว้ (design) ถูกโหลดลงใน workspace แล้ว

  • ใช้ makeContrasts เพื่อกำหนด pairwise contrast ทั้ง 3 รายการ โดยใช้ชื่อคอลัมน์จากเมทริกซ์ดีไซน์โดยไม่ใส่เครื่องหมายคำพูด

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm
แก้ไขและรันโค้ด