Contrasts matrix for 3 groups

To identify the differentially expressed genes between each of the 3 levels of oxygen, you need to define 3 pairwise contrasts.

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Differential Expression Analysis with limma in R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

The ExpressionSet object eset with the hypoxia data and the design matrix you just created (design) have been loaded in your workspace.

Use makeContrasts to define the 3 pairwise contrasts. Remember to use the column names from the design matrix without using quotation marks.

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

แก้ไขและรันโค้ด