เมทริกซ์ contrast สำหรับ 3 กลุ่ม
เพื่อระบุยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันระหว่างระดับออกซิเจนทั้ง 3 ระดับ ต้องกำหนด pairwise contrast จำนวน 3 รายการ
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
ออบเจกต์ ExpressionSet ชื่อ eset ที่มีข้อมูล hypoxia และเมทริกซ์ดีไซน์ที่สร้างไว้ (design) ถูกโหลดลงใน workspace แล้ว
- ใช้
makeContrastsเพื่อกำหนด pairwise contrast ทั้ง 3 รายการ โดยใช้ชื่อคอลัมน์จากเมทริกซ์ดีไซน์โดยไม่ใส่เครื่องหมายคำพูด
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm