ทดสอบ differential expression แบบ factorial 2x2

แม้จะมี contrast มากกว่าตัวอย่างก่อนหน้า แต่การทดสอบ differential expression ด้วย limma ก็ยังคงใช้ขั้นตอนเดิม

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

คำแนะนำการฝึกหัด

อ็อบเจกต์ ExpressionSet eset ที่มีข้อมูล Populus, design matrix (design) และ contrasts matrix (cm) ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว

ฟิตค่าสัมประสิทธิ์โมเดลด้วย lmFit
ฟิต contrast ด้วย contrasts.fit
คำนวณ t-statistics ด้วย eBayes
สรุปผลลัพธ์ด้วย decideTests

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

แก้ไขและรันโค้ด