หมวดหมู่ Gene Ontology
ในแบบฝึกหัดที่แล้ว คุณได้ทดสอบการ enrichment ของ biological pathways ไปแล้ว คราวนี้จะทดสอบการ enrichment ใน gene sets ที่ทราบกันว่ามีอิทธิพลต่อกระบวนการทางชีววิทยาเดียวกัน ซึ่งเรียกว่าหมวดหมู่ gene ontology (GO) หมวดหมู่ GO ใดบ้างที่ over-represented ในยีนที่แสดงออกต่างกัน (differentially expressed genes) จากการศึกษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาว (leukemia)?
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
โมเดลที่ fit แล้วจากการศึกษาโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาวในบทที่ 2 ซึ่งได้แก่ fit2 ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว และแพ็กเกจ limma ก็โหลดพร้อมใช้งานแล้ว
ดึง entrez Gene ID จาก data frame
fit2$genesทดสอบหมวดหมู่ GO ที่ enriched ด้วย
goanaโดยตั้งค่า species เป็น"Hs"สำหรับ Homo sapiensดู 20 หมวดหมู่ GO ที่ enriched สูงสุดด้วย
topGOโดยตั้งค่าอาร์กิวเมนต์ontologyเป็น"BP"เพื่อแสดงผล Biological Processes
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)