Design matrix สำหรับ factorial แบบ 2x2

ในการทดลอง factorial แบบ 2x2 นี้ ซึ่งศึกษาผลของภาวะแล้งต่อการเจริญเติบโตของต้นไม้ ต้นไม้ Populus 2 สายพันธุ์ถูกปลูกภายใต้ปริมาณน้ำ 2 ระดับ เพื่อให้โมเดลมี coefficient หนึ่งตัวต่อหนึ่งกลุ่ม จำเป็นต้องรวมตัวแปรทั้งสองเข้าด้วยกันก่อน

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

โหลด ExpressionSet object eset ที่มีข้อมูล Populus ไว้ใน workspace ของคุณแล้ว

รวมตัวแปร type (สายพันธุ์ของต้นไม้) และ water (ปกติ vs. ภาวะแล้ง) เข้าเป็นตัวแปร factor ตัวเดียว
ใช้ model.matrix เพื่อสร้าง design matrix แบบไม่มี intercept

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

แก้ไขและรันโค้ด