เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

Boxplot ของ Top2b

ต่อไปเป็นการตรวจสอบความถูกต้อง: สร้าง boxplot ของระดับการแสดงออกของ Top2b เพื่อยืนยันว่าหนู null มีระดับการแสดงออกของ Top2b ต่ำกว่า

จำได้ไหมว่าเราสร้าง boxplot แบบเดียวกันนี้ไปแล้วในบทที่ 1 แบบฝึกหัดที่ 4

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ExpressionSet object eset ที่บรรจุข้อมูล doxorubicin ถูกโหลดไว้ใน workspace ของคุณแล้ว

  • ค้นหาแถวที่มีข้อมูลของ Top2b โดยค้นใน feature data column "symbol" สำหรับค่า "Top2b"

  • สร้าง boxplot โดยใช้ syntax แบบ formula โดยให้ระดับการแสดงออกอยู่ทางซ้ายของ ~ และตัวแปร genotype อยู่ทางขวา

  • ส่ง feature data frame row ไปยัง main เพื่อกำหนดชื่อกราฟ

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")

# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
        main = ___(eset)[top2b, ])
แก้ไขและรันโค้ด