เมทริกซ์ contrasts สำหรับค่าเฉลี่ยของกลุ่ม

เนื่องจากใช้การกำหนดพารามิเตอร์แบบ group-means จึงมีขั้นตอนเพิ่มเติมใน limma pipeline สัมประสิทธิ์แต่ละตัวจะแทนค่าระดับการแสดงออกเฉลี่ยของแต่ละกลุ่มตัวอย่าง ดังนั้นจึงต้องกำหนด contrast แบบกำหนดเองเพื่อทดสอบความแตกต่างระหว่างมะเร็งเม็ดเลือดขาวชนิด progressive และ stable

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ExpressionSet object eset ที่บรรจุข้อมูลมะเร็งเม็ดเลือดขาว และเมทริกซ์การออกแบบ design ที่สร้างไว้ก่อนหน้านี้ ถูกโหลดไว้ในพื้นที่ทำงานของคุณแล้ว

ใช้ makeContrasts เพื่อกำหนด contrast ชื่อ status ซึ่งคือความแตกต่างของระดับการแสดงออกเฉลี่ยระหว่างมะเร็งชนิด progressive และ stable
ส่งเมทริกซ์การออกแบบ design ไปยังอาร์กิวเมนต์ levels เพื่อให้ชื่อคอลัมน์ของ design (ซึ่งสอดคล้องกับสัมประสิทธิ์) สามารถนำไปใช้ในการกำหนด contrasts ได้

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

แก้ไขและรันโค้ด