เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

Contrasts matrix สำหรับ factorial แบบ 2x2

ใน factorial design แบบ 2x2 มี contrasts หลายรายการที่ต้องทดสอบ ได้แก่ ความแตกต่างของประเภทต้นไม้ในแต่ละสภาวะน้ำ ความแตกต่างของการตอบสนองต่อภาวะแล้งในต้นไม้แต่ละชนิด และความแตกต่างของการตอบสนองต่อภาวะแล้งระหว่างต้นไม้ทั้งสองประเภท (ซึ่งเรียกกันโดยทั่วไปว่า interaction effect)

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ExpressionSet object eset ที่มีข้อมูล Populus และ design matrix ที่สร้างไว้ (design) ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว

  • สร้าง type_drought เพื่อทดสอบผลของประเภทต้นไม้ (NM6 เทียบกับ DN34) ในสภาวะภัยแล้ง

  • สร้าง water_dn34 เพื่อทดสอบผลของภาวะแล้งในต้นไม้ DN34

  • สร้าง interaction term เพื่อทดสอบความแตกต่างของการตอบสนองต่อภาวะแล้งระหว่างต้นไม้ทั้งสองประเภท (คำใบ้: เปรียบเทียบ water_nm6 กับ water_dn34)

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm
แก้ไขและรันโค้ด