เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

Design matrix

การทดลอง doxorubicin เป็น factorial design แบบ 2x2 จึงต้องสร้างตัวแปรรวมเพื่อใช้กับ group-means parametrization

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ExpressionSet object eset ที่บรรจุข้อมูล doxorubicin ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว

  • รวมตัวแปร genotype (WT vs. Top2b null) และ treatment (PBS vs. Dox) ให้เป็น factor variable ตัวเดียว

  • ใช้ model.matrix เพื่อสร้าง design matrix แบบไม่มี intercept

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)
แก้ไขและรันโค้ด