เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การทดสอบ Pathway Enrichment

เพื่อทำความเข้าใจผลกระทบของยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันในการศึกษา doxorubicin ให้ลึกขึ้น เราจะทดสอบว่า biological pathway ที่รู้จักจากฐานข้อมูล KEGG มีการ over-represent ในกลุ่มยีนเหล่านั้นหรือไม่ PATHWAY ใดใน KEGG ที่ over-represent ในยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกัน สำหรับ contrast "dox_wt" และ "interaction"?

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

โมเดลที่ fit แล้ว fit2 ถูกโหลดไว้ใน workspace ของคุณแล้ว และแพ็กเกจ limma ถูกโหลดเรียบร้อยแล้ว

  • ดึง entrez Gene ID จาก data frame fit2$genes

  • ทดสอบหา KEGG pathway ที่ถูก enrich ด้วย kegga สำหรับ contrast "dox_wt" โดยตั้งค่า species เป็น "Mm" สำหรับ Mus musculus

  • ดู KEGG pathway ที่ถูก enrich สูงสุด 5 อันดับแรกด้วย topKEGG

  • ทำซ้ำขั้นตอน pathway enrichment สำหรับ contrast "interaction"

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)
แก้ไขและรันโค้ด