ทดสอบ Differential Expression สำหรับ Group-Means

เมื่อกำหนด design matrix และ contrasts matrix เรียบร้อยแล้ว ก็พร้อมทดสอบ differential expression ได้เลย

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R

คำแนะนำการฝึกหัด

ออบเจกต์ ExpressionSet eset ที่มีข้อมูล leukemia, design matrix (design) และ contrasts matrix (cm) ถูกโหลดไว้ใน workspace ของคุณแล้ว

ฟิตค่าสัมประสิทธิ์ของโมเดลด้วย lmFit
ฟิต contrasts ด้วย contrasts.fit
คำนวณค่า t-statistics ด้วย eBayes
สรุปผลลัพธ์ด้วย decideTests ไม่จำเป็นต้อง subset fit2 เหมือนที่ทำใน treatment-contrasts parametrization เนื่องจาก group-means model ไม่มี intercept term

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

แก้ไขและรันโค้ด