สร้าง Boxplot
สำรวจชุดข้อมูลมะเร็งเม็ดเลือดขาว (leukemia) โดยแสดงระดับการแสดงออกของยีนแรกด้วย boxplot แยกตามผู้ป่วยที่มีอาการคงที่และที่มีอาการลุกลาม
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ Differential Expression ด้วย limma ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
เมทริกซ์การแสดงออก (x), ข้อมูล feature (f) และข้อมูล phenotype (p) ถูกโหลดไว้ใน workspace แล้ว
Subset
xให้เหลือเฉพาะยีนแรก (คือแถวแรก) แล้วนำไปใส่ทางด้านซ้ายของ~ในสูตร (แกน y)Subset
pให้เหลือเฉพาะคอลัมน์"Disease"แล้วนำไปใส่ทางด้านขวาของ~ในสูตร (แกน x)Subset
fให้เหลือเฉพาะยีนแรก (คือแถวแรก) และคอลัมน์"symbol"จากนั้นใช้ค่านี้เป็น argument ของmainสำหรับชื่อกราฟ
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create a boxplot of the first gene in the expression matrix
boxplot(___ ~ ___, main = ___)