Gener som gör skillnad
Att identifiera ChIP-seq-toppar är bra, men det berättar inte så mycket om vad som händer inne i cellen.
I den här övningen får du en försmak på hur genomannoteringer kan användas för att tolka ChIP-seq-resultat. Två
genuppsättningar har laddats in i R-sessionen åt dig. Den första, ar_sets, innehåller en lista över alla gener kopplade
till toppar i primära tumörer och behandlingsresistenta tumörer. Den andra, db_sets, är en delmängd av den första och
innehåller endast gener kopplade till toppar som visar tecken på differentiell bindning mellan de två tillstånden.
Du använder funktionen upset() från paketet UpSetR för att visualisera överlappningen mellan genuppsättningarna för
de primära och behandlingsresistenta tumörproven.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Ta en titt på de fullständiga genuppsättningarna som lagras i objektet
ar_sets. - Visualisera överlappningen mellan de två grupperna med funktionen
upset(). - Ta en titt på generna med differentiell bindning.
- Visualisera överlappningen av differentiellt bundna toppar mellan de två grupperna med funktionen
upset().
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))