Annotering av peaks
I de föregående övningarna skapade du en tabell med sammanslagna peak-anrop från alla sampel (tillgänglig här som peaks_merged) och en tabell med genannoteringar (tillgänglig som human_genes). Nu är det dags att kombinera information från båda tabellerna med hjälp av funktionen annoPeaks() från paketet ChIPpeakAnno. För varje peak som befinner sig tillräckligt nära startpunkten för en gen – vilket bestäms av argumentet bindingRegion – returnerar funktionen detaljerad information om den aktuella genen i en dataframe. Detta inkluderar kolumnen insideFeature, som anger var peaken befinner sig i förhållande till genen.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Annotera peaks med den närmaste genen.
- Bestäm antalet peaks som annoterades med gener.
- Skapa en sammanfattningstabell som visar var peaks befann sig i förhållande till gener.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)