En närmare titt på pathways
I den här övningen ska du konstruera en URL som länkar till en pathway identifierad av berikningstanalysen och framhäver de gener som har ChIP-seq-toppar. Det ger dig en överblick över hur generna – eller snarare de proteiner de kodar för – interagerar med varandra och med andra proteiner. Med lite erfarenhet kan detta snabbt ge ledtrådar om möjliga mekanismer som kan förklara skillnaderna mellan grupperna i studien.
Det allmänna formatet för dessa URL:er är: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Du ska konstruera den URL som krävs för att visa den högst rankade patwayen från berikningstanalysen och framhäva de gener som är kopplade till toppar. Objekten top_path och genes som du skapade tidigare finns tillgängliga i din arbetsyta.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Lägg till pathway-ID:t i URL:en.
- Slå ihop ID:na för de gener i patwayen som är kopplade till toppar till en enda sträng, separerade med
'+'. - Lägg till genurvalssträngen i URL:en.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")