Beräkna täckning
Nu är det dags att utöka läsningarna till den genomsnittliga fragmentlängden för att få en bättre täckningsuppskattning. Genom att utöka läsningarna kan du kombinera läsningar från båda ändarna av ett fragment till en enda täckningstopp, vilket hjälper dig att skilja toppar från bakgrundsbrus.
BAM-filen för provet GSM1598218 som du använder i den här övningen har redan laddats in. Den genomsnittliga fragmentlängden för det här provet är 183 bp. Läsningarna finns tillgängliga som ett GRanges-objekt med namnet reads_gr.
Det kan ta en stund att läsa in alla nödvändiga data och R-paket för den här övningen. Ha tålamod.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Utöka läsningarna till den genomsnittliga fragmentlängden.
- Beräkna fragmenttäckningen.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)