Sammanställa peaks
Innan du utforskar hur du annoterar peak-anrop kan det vara bra att se hur du kan få fram en sammanslagen peak-uppsättning som inkluderar anrop från alla sampel. Paketet ChIPpeakAnno tillhandahåller funktionen findOverlapsOfPeaks() för detta ändamål. Den gör det möjligt att slå samman peak-uppsättningar, representerade som GenomicRanges, från upp till fem sampel.
Innan du kan använda den här funktionen behöver du extrahera informationen om peak-anrop från det ChIPQCexperiment-objekt som du skapade tidigare. Du kan hämta peak-positioner via funktionen peaks(). Observera att detta returnerar peak-anrop för alla sampel – även de som inte godkändes i QC-steget. En vektor med index för de sampel som vi valde ut för vidare analys under QC-steget finns tillgänglig som qc_pass.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Extrahera peaks från ChIPQCexperiment-objektet.
- Ta bort alla sampel som inte godkändes i QC.
- Hitta överlapp mellan peak-uppsättningarna med hjälp av funktionen
findOverlapsOfPeaks(). - Undersök den sammanslagna peak-uppsättningen som finns tillgänglig under posten
mergedPeaks.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)