Läsa BAM-filer

Till att börja med läser du in mappade reads från en BAM-fil till R. Dessa filer lagrar information om alinjering mellan read-sekvenser och referensgenomet i ett komprimerat binärt format. Att ladda data från BAM-filer är en vanlig uppgift vid analys av genomiska data.

I den här övningen laddar du först in alla reads från en BAM-fil. Det är enkelt men kan kräva mycket minne, så i den andra delen lär du dig att bara ladda in reads från en region av intresse.

Den här övningen är en del av kursen

ChIP-seq med Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Ladda in reads från filen chr20_bam med funktionen readGAlignments().
Skapa ett BamViews-objekt för chr20_bam som täcker regionen 29 805 000–29 820 000 på kromosom 20.
Använd readGAlignments() igen för att bara läsa in reads inom den vyn.
Undersök objektet reads_sub med str().

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Redigera och kör kod