Toppar jämfört med bakgrund
Nu är det dags att jämföra täckningsfördelningen för toppar, svartlistade regioner och bakgrund. I den här övningen undersöker du data från kromosom 5.
De binfärdiga läsantalen för toppar, svartlistade regioner och bakgrund för denna kromosom finns tillgängliga som peak_bins, bl_bins respektive
bkg_bins. Kolumnen score innehåller läsantalen.
Det kan ta en stund att läsa in alla nödvändiga data och R-paket för den här övningen. Ha tålamod.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Förbered läsantalen för visualisering genom att organisera dem i dataraster.
- Kombinera de tre datarastrena med hjälp av
rbind(). - Skapa ett lådagram över läsantalen per bintyp.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()