Ta bort svartlistade regioner
Att identifiera och ta bort peaks i svartlistade regioner är ett viktigt steg när du förbereder data för vidare analys. I den här övningen använder vi den svartlista som ingår i paketet ChIPQC. Den finns också tillgänglig direkt från ENCODE.
I den här övningen finns peak-anrop tillgängliga i peaks, täckningsdata finns i cover och svartlistade regioner finns i blacklist.hg19. Funktionen findOverlaps() kommer att vara användbar här. Du har stött på konceptet överlappande regioner i den inledande Bioconductor-kursen och vi återkommer till det senare i det här kapitlet.
Det kan ta ett ögonblick att läsa in all nödvändig data och alla R-paket för den här övningen. Ha tålamod.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Hitta alla överlapp mellan peaks och svartlistade regioner.
- Rita upp läsningstäckning, peak-anrop och svartlistade regioner med hjälp av Gviz.
- Ta bort alla svartlistade peaks.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]