Sammanfatta skillnader i proteinbindning
Den sista plotten över differentiellt bundna toppar som du tittar på i den här lektionen är ett låddiagram. Den här typen av plot är användbar för att sammanfatta fördelningen av toppintensiteter i varje sampel. DiffBind tillhandahåller funktionen dba.plotBox() för detta ändamål. Låddiagram lyfter fram medianens placering i olika grupper samt dataspridningen runt den. Plotten som DiffBind producerar jämför de två grupperna (primär och behandlingsresistent tumör) samt undergrupper bestående av de differentiellt bundna topparna. Utöver själva plotten returnerar dba.plotBox() även p-värden för parvisa jämförelser mellan dessa grupper.
Precis som tidigare är resultaten av den differentiella bindningsanalysen tillgängliga som ar_diff.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Skapa ett låddiagram över toppintensiteterna.
- Granska de returnerade p-värdena. Vilka toppuppsättningar skiljer sig signifikant från varandra?
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)