Klustring av sampel
Ett annat sätt att undersöka likheter mellan sampel är hierarkisk klustring. Processen består av två steg. Först beräknar du avståndet mellan samplen baserat på (normaliserad täckning) av toppar med funktionen dist(). Sedan använder du dessa parvisa avstånd för att gruppera liknande sampel med hclust(). Detta skapar ett dendrogram som visar den hierarkiska relationen mellan samplen.
En matris med lämpligt normaliserade täckningsdata finns tillgänglig som R-objektet cover.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Beräkna de parvisa avstånden mellan samplen med
dist(). - Använd
hclust()för att skapa ett dendrogram från avståndsmatrisen. - Rita dendrogrammet.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)