Läsa BED-filer
I den här övningen laddar du in peak calls från en BED-fil och använder informationen om peak-positioner för att extrahera reads som överlappar med peaks från en BAM-fil.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Använd funktionen
import.bedför att ladda in peak calls från chr20_peaks. - Använd dessa peak calls för att skapa ett
BamViews-objekt för chr20_bam. - Ladda in de reads som överlappar med peak calls.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)