Använda annotationer

I den här övningen använder du genkoordinater från paketet TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Det här paketet innehåller koordinater för alla kända humana gener. Ett GRanges-objekt med koordinater och ett unikt ID för gener på kromosom 20 har laddats in åt dig som human_genes.

Dessa ID:n är användbara för att identifiera gener, men de är inte särskilt lättolkade. Det kan därför vara en fördel att även lägga till mer lättlästa gensymboler. Det går att göra med hjälp av paketet org.Hs.eg.db, som tillhandahåller mappningar mellan olika uppsättningar av genidentifierare. Med funktionen select() kan du hämta en gensymbol, lagrad i kolumnen SYMBOL, för varje ID. När du har hämtat den informationen kan du lägga till den i tabellen över genpositioner.

Den här övningen är en del av kursen

ChIP-seq med Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Hämta gensymboler från kolumnen SYMBOL i org.Hs.eg.db.
Undersök strukturen hos de returnerade annotationerna.
Lägg till gensymbolerna i human_genes.
Undersök resultatet.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")

# Examine the structure of the returned annotations
str(___)

# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___

# Examine output
print(human_genes)

Redigera och kör kod