PCA och värmekarta – en ny titt
Nu när du har identifierat de viktigaste skillnaderna mellan proverna kan du skapa ytterligare en uppsättning diagram för att jämföra dem. Dessa liknar de du tittade på tidigare, men den här gången används enbart differentiellt bundna toppar. Det minskar brus i diagrammet och hjälper till att framhäva skillnaderna. Ritfunktionerna i DiffBind har ett argument contrast som låter dig ange vilken jämförelse som ska användas för att välja toppar. I den här övningen jämför du de ursprungliga diagrammen med deras mer renodlade versioner.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)