Förstå påverkan på signalvägar
Signalvägar är ett annat användbart sätt att gruppera gener. I den här övningen undersöker du resultaten av en berikning av signalvägar som tittar på toppar som är mer uttalade i de primära tumörproverna. Objektet enrich_primary innehåller resultaten. Det är en lista med fyra poster. Det du framför allt är intresserad av är results – en dataram med berikningsresultat, sorterade efter signifikans. Den innehåller ID och namn på genuppsättningarna samt de gener som är kopplade till toppar som ingår i genuppsättningen. Här rapporteras gener som Entrez-ID:n. Du kan använda databasen från paketet org.Hs.eg.db för att konvertera mellan Entrez-ID:n och gensymboler. Funktionen select() är ett praktiskt gränssnitt för att välja poster från kolumnen SYMBOL med nyckeltypen ENTREZID.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Undersök de översta genuppsättningarna.
- Extrahera gen-ID:n för den högst rankade uppsättningen.
- Dela upp gen-ID:n i en vektor.
- Konvertera gen-ID:n till gensymboler.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)