Hitta gemensamma teman
Paketet chipenrich innehåller funktionen chipenrich(), som identifierar grupper av gener som är mer frekvent associerade med ChIP-seq-toppar än vad man skulle förvänta sig av en slumpmässig fördelning. För detta är det viktigt att bestämma hur generna ska grupperas. I den här övningen tittar du på Hallmark-genuppsättningarna som har definierats vid Broad Institute.
Vanligtvis vill man begränsa analysen till differentiellt bundna toppar för att lyfta fram de molekylära processer som skiljer de två provgrupperna åt. På grund av det lilla urvalsstorleken i de data du arbetar med tittar du i stället på toppar som har en starkare signal i de behandlingsresistenta tumörproven.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Välj ut alla toppar som har högre intensitet i de behandlingsresistenta proven än i primärtumörproven.
- Kör berikningsanalysen.
- Skriv ut resultaten från analysen.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)