Konfigurera modellen

Innan du kan köra den faktiska jämförelsen mellan grupper behöver du tala om för DiffBind hur samplen är fördelade mellan dem. Det enklaste sättet är att använda en av de fördefinierade kategorier som DiffBind kopplar till samplen. Dessa inkluderar vanligt förekommande grupperingar, till exempel vilket tillstånd eller vilken vävnad som är associerat med varje sampel. Du anger vilken kategori du vill använda via argumentet categories, med hjälp av konstanter som DBA_CONDITION och DBA_TISSUE. Hjälpsidan för dba.contrast() innehåller en fullständig lista över tillgängliga konstanter.

Den här övningen är en del av kursen

ChIP-seq med Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Undersök objektet ar_binding.
Identifiera den kategori som motsvarar villkoren Primary Tumor (primary) och Treatment Resistant (TURP).
Definiera kontrasten för att jämföra de två tumörtyperna.
Undersök objektet dba_peaks för att bekräfta att kontrasten har lagts till.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

Redigera och kör kod