Filtrera läsningar
I den här övningen rensar du upp data ytterligare genom att ta bort läsningar med lågkvalitativa justeringar. För att kunna göra det behöver du läsa in justeringskvaliteterna från BAM-filen. Dessa lagras i fältet mapq.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Läs in
readsmed information om justeringskvaliteterna kopplade till varje läsning. - Identifiera alla justeringar med en kvalitet på minst 20.
- Skapa ett lådagram som jämför fördelningen av justeringskvalitet mellan gruppen med hög respektive låg kvalitet.
- Ta bort alla lågkvalitativa justeringar.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))
# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___
# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")
# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)