Plotta en region i detalj
Nu är det din tur att plotta en genomisk region med Gviz. All data i den här övningen kommer från kromosom 20 i ett enskilt prov. Ett ideogram över kromosom 20 har redan skapats och finns tillgängligt som ideogram. De mappade läsningarna har konverterats till täckningsdata, som finns som ett GRanges-objekt kallat cover_ranges. Peak calls i den region du ska plotta lagras i objektet peak_calls.
Det kan ta en stund att läsa in alla nödvändiga data och R-paket för den här övningen. Ha tålamod.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Skapa annotationsspår för peak calls.
- Skapa ett dataspår för läsningstäckning.
- Visa diagrammet, uppifrån och ned: ett ideogram, täckningsspår, spår med peak calls och en axel som visar den genomiska positionen.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)